當(dāng)人類在發(fā)現(xiàn)和研究微生物之前,，把一切生物分成截然不同的兩大界- 動(dòng)物界和植物界。隨著人們對(duì)微生物認(rèn)識(shí)的逐步深化,，從兩界系統(tǒng)經(jīng)歷過(guò)三界系統(tǒng),、四界系統(tǒng)、五界系統(tǒng)甚至六界系統(tǒng),，直到70 年代后期,，美國(guó)人 Woese等發(fā)現(xiàn)了地球上的第三 生命形式 -古菌，才導(dǎo)致了生命 三域?qū)W說(shuō) 的誕生,。該學(xué)說(shuō)認(rèn)為生命是由古菌域(Archaea) ,、細(xì)菌域 (Bacteria)和真核生物域 (Eucarya) 所構(gòu)成。古菌域包括嗜泉古菌界(Crenarchaeota) ,、廣域古菌界 (Euryarchaeota)和初生古菌界 (Korarchaeota) ,；細(xì)菌域包括細(xì)菌,、放線菌、藍(lán)細(xì)菌和各種除古菌以外的其它原核生物,；真核生物域包括真菌,、原生生物、動(dòng)物和植物 ,。除動(dòng)物和植物以外,，其它絕大多數(shù)生物都屬微生物范疇。由此可見,，微生物在生物界級(jí)分類中占有特殊重要的地位,。

生命進(jìn)化一直是人們關(guān)注的熱點(diǎn)。Brown 等依據(jù)平行同源基因構(gòu)建的"Cenancestor" 生命進(jìn)化樹,，認(rèn)為生命的共同祖先 Cenancestor是一個(gè)原生物,。原生物在進(jìn)化過(guò)程中產(chǎn)生兩個(gè)分支，一個(gè)是原核生物 ( 細(xì)菌和古菌) ,，一個(gè)是原真核生物,，在之后的進(jìn)化過(guò)程中細(xì)菌和古菌首先向不同的方向進(jìn)化，然后原真核生物經(jīng)吞食一個(gè)古菌,，并由古菌的 DNA取代寄主的 RNA 基因組而產(chǎn)生真核生物（圖片來(lái)源于網(wǎng)絡(luò)）,。

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